3C認證實施四年來制度不完善之處表現在5個方面:

一)制度運行環境需要改善。包括以下3個方面的內容:
1)首先是3C認證制度與其他行業監管制度的關係需要進一步協調。3C認證制度針對的是對社會生活影響較大的重要產品，這些產品同時也是國家各個經濟監督管理部門和各級質檢部門的監管重點。在實行3C認證制度的同時，針對部分產品的監管制度和措施還繼續進行，客觀上造成了對企業和產品多頭管理的問題，也影響了強制性認證的權威性。目前，國家認監委已經相繼解決了工業產品生產許可證和出口品質許可證與3C認證交叉管理的問題。在入境驗證方面，3C認證產品目錄的制定和調整還不能完全與實施入境驗證商品目錄協調一致，實施3C認證的產品目錄中還有80多個HS編碼未被列入法定入境驗證商品目錄，使檢驗檢疫機構對該部分進口商品無法實施有效監管。
2)是法律法規體系有待進一步完善。國內現行的法律法規在對強制性認證產品的品質責任問題上，只有一些原則性的條款，缺乏系統和完整的法律法規，影響了3C認證制度的實施力度。同時，法律、法規對違法違規行為的執法處罰不夠全面，直接導致部分執法單位的執法行為不規範。
3)是社會誠信機制不完備，使得一些機構、人員和企業為了追逐利益投機取巧，客觀上給3C認證制度的實施造成不良影響。

二)監管體系有待完善。主要表現在
1)執法領域受到限制，一方面在很多3C認證產品集中銷售的各類集貿市場、電子城、家電城等區域，執法活動受到制約；一些產品的投產、設計、生產、銷售、安裝、使用等各個環節由不同部門分段執法的情況存在，介面關係尚未理順，使3C認證產品某些環節的監督管理工作幾乎處於真空狀態，市場上流通著應該認證而又未認證的產品。
2)執法人員的政策水準和業務能力還有待進一步提高，迫切需要建立健全有效的執法體系，需要既掌握行政執法的技能，又具備專門的專業知識的專業執法隊伍對3C認證的產品進行專門的執法檢查。
3)3C認證產品的專項監督經費不足，專項監督頻次和專項檢查的覆蓋率尚待增加。
4)監管結果的後續處理工作尚未引入有效的退出機制。承擔3C認證的認證機構、檢測機構、工廠檢查人員只有進入、沒有退出，客觀上沒有形成應有的監管威懾力。

三)3C認證制度建設和實施需要完善。
1)制度建設的適用性問題。一方面我國認證認可的相關法律法規需要加強相互配套以及在實踐中不斷改進，另一方面現有的統一強制性認證模式在一定程度上不能適應認證企業和產品特點的多樣性。
2)3C認證實施過程和證後監督方面，3C認證在監督檢查頻次、監督檢查實施、監督內容、監督抽樣檢測等方面還有欠缺。

四)3C認證資訊提供系統需要完善。其中包括執法機構與3C認證機構缺乏有效的資訊交流與溝通機制，認證機構與檢驗機構缺乏有效的資訊交流與溝通機制。

五)3C認證服務機構配備的合理性和服務品質有待加強。比如指定認證、檢測機構的數量以及服務能力與3C認證產品的生產企業數量匹配需要調整；在認證服務提供環節還存在著公開信息不充分，認證環節多、週期長，認證服務機構自身資源配備不充分等問題。