一、 證書36種
（一） 出境貨物檢驗類：8種
格式1-1 "檢驗證書"：適用於出境貨物（含食品）的品質、規格、數重、包裝等檢驗項目。
格式1-2-1 "生絲品級及公量證書"：適用於證明生絲的品質及公量。
格式1-2-2 "撚線絲品級及公量證書"：適用於證明撚線絲的品質及公量。
格式1-2-3 "絹絲品質證書"：適用於證明絹絲的品質。
格式1-2-4 "雙宮絲品級及公量證書"：適用于雙宮絲的品質及公量。
格式1-2-5 "初級加工絲品質及重量證書"：適用於證明初級加工絲的品質及重量。
格式1-2-6 "柞蠶絲品級及公量證書"：適用於證明柞蠶絲的品級及公量。
格式1-4 "啤酒花證書"：適用于輸往歐盟的啤酒花。（注：此證書只有部分局可以簽發）

（二） 出境貨物衛生類：2種
格式2-1 "衛生證書"：適用于經檢驗符合衛生要求的出境食品以及其他需要實施衛生檢驗的貨物。
格式 2-2 "健康證書"：適用於食品以及用於食品加工的化工產品、紡織品、輕工產品等與人、畜健康有關的出境貨物。

（三） 出境獸醫類：5種
格式 3-1 "獸醫（衛生）證書"：適用於符合輸往國家或地區與中國有檢疫規定、雙邊檢疫協定以及貿易合同要求的出境動物產品。
格式 3-2-1 "獸醫衛生證書"：適用於輸往俄羅斯的牛肉。
格式 3-2-2 "獸醫衛生證書"：適用於輸往俄羅斯的豬肉。
格式 3-2-3 "獸醫衛生證書"：適用於輸往俄羅斯的動物性原料等。包括皮革、角蹄類、腸衣、毛皮和羔羊皮、羊毛、鬃、馬尾、雞鴨鵝及其他禽類的羽毛和羽絨。
格式 3-2-4 "獸醫衛生證書"：適用於輸往俄羅斯的禽肉等。
（四） 出境動物檢疫類：1種
格式 4-1 "動物衛生證書"：適用於（1）符合輸入國家或者地區與中國有檢疫規定、雙邊檢疫協定以及貿易合同要求的出境動物；（2）出境旅客攜帶的符合檢疫要求的伴侶動物；（3）符合檢疫要求的港澳動物。

（五） 植物檢疫類：2種
格式 5-1 "植物檢疫證書"：適用於符合輸入國家或地區以及貿易合同簽訂的建議要求的出境植物、植物產品以及其他檢疫物（指植物性包裝鋪墊材料、植物性廢棄物等）。
格式 5-2 "植物轉口檢疫證書"：適用于從輸出方運往中國並經中國轉口到第三方（包括到港、澳、台等地區）的符合相關建議要求的植物、植物產品以及其他檢疫物。

（六） 運輸工具檢疫類：6種
格式 6-1 "船舶入境衛生檢疫證"：適用于入境衛生檢疫時沒有染疫的或不需要實施衛生處理的國際航行船舶。
格式 6-2 "船舶入境檢疫證"：適用于入境衛生檢疫時，需實施某種衛生處理或離開本港後應繼續接受某種衛生處理的國際航行船舶。
格式 6-3 "交通工具衛生證書"：適用于申請電訊衛生檢疫的交通工具，包括船舶、飛機、火車等。
格式 6-4 "交通工具出境衛生檢疫證書"：適用於出境交通運輸工具的衛生檢疫。
格式 6-5 "除鼠證書/免予除鼠證書"：除鼠證書用於船舶實施鼠患檢查後，發現鼠患並進行除鼠的情況；免予除鼠證書用於船舶實施鼠患檢查後，未發現鼠患亦未採取任何除鼠措施的情況。
格式 6-6 "運輸工具檢疫證書"：適用於（1）經動植物檢疫合格的出入境交通運輸工具；（2）經衛生檢疫的入境運輸工具，如飛機、火車等。（注：入境國際航行船舶衛生檢疫用格式6-1或6-2）。

（七） 檢疫處理類：2種
格式 7-1 "薰蒸/消毒證書"：適用於經檢疫處理的出入境動植物及其產品、包裝材料、廢舊物品、郵寄物、裝載容器（包括集裝箱）及其他需檢疫處理的物品等。
格式 7-2 "運輸工具檢疫處理證書"：適用於對出入境交通運輸工具薰蒸、消毒、除蟲（含滅蚊），包括對交通運輸工具員工及旅客用食品、飲用水以及運輸工具的壓艙水、垃圾、污水等專案實施檢疫處理。
（八） 國際旅行健康類：2種
格式 8-1 "國際旅行健康檢查證明書"：適用于出入境人員的健康檢查證明。
格式 8-2 "國際預防接種證書"：適用于對國際旅行人員的預防接種。
（九） 入境貨物檢驗檢疫類：5種
格式 9-1 "檢驗證書"：適用於（1）經檢驗不符合要求的貨物；（2）報檢人要求或交接、
結匯、結算需要的情況。
格式 9-2 "衛生證書"：適用于（1）經衛生檢驗合格的入境食品、食品添加劑；（2）衛生檢驗不合格的入境食品、食品添加劑。
格式 9-3 "獸醫衛生證書"：適用於經檢疫不符合我國建議要求的入境動物產品。
格式 9-4 "動物檢疫證書"：適用於經檢疫不符合我國檢疫要求的入境動物。
格式 9-5 "植物檢疫證書"：適用於經檢疫不符合我國檢疫要求的人竟職務、植物產品、植物性包裝鋪墊材料、植物性廢棄物、土壤、毒種、菌種、生物材料等。 （十） 空白證書類：3種
格式 e-1 "空白證書"：適用於規定格式以外的品質檢驗、鑒定等證書。如品質證書、重/數量證書、外商投資財產價值鑒定證書、冷藏車檢驗證書、輸美陶瓷證書、惡喹酸證書等。
格式 e-2 "空白證書"：適用於規定格式以外的涉及衛生檢疫、食品衛生檢驗、動植物檢疫等證書。如衛生證、健康證、獸醫證、農殘證書、奶槽車檢驗證書、冷藏車檢驗證書等。
格式 e-3 "空白證書"：適用於需要正反面列印的證書。如輸歐盟水產品和腸衣的"衛生證書"等。
（十一） 其他：
"證書續頁"：適用於多頁證書的情況

二、 憑單類31種
（一） 申請單類：10種
編號 1-1 "入境貨物報檢單"：適用於對入境貨物（包括廢舊物品）、包裝鋪墊材料、裝載法檢貨物的集裝箱，以及外商投資財產鑒定的申報。
編號 1-2 "出境貨物報檢單"：適用於對出境貨物（包括廢舊物品）、包裝鋪墊材料、裝載法檢貨物的集裝箱等的申報。
編號 1-3 "出境貨物包裝檢驗申請單"：適用於對出境貨物運輸包裝性能核對總和危險貨物包裝適用鑒定的申請。
編號 1-4 "航海健康申報書"
編號 1-4-1 "壓艙水申報單"：適用於國際航行船舶早入境時船方就壓艙水裝載和排放情況向口岸檢驗檢疫機構的申報。
編號 1-5 "船舶舒緩檢查申請書"：適用於出入境船舶鼠患申請。
編號 1-6 "入境建議申明卡"：適用于入境旅客健康申明河攜帶物申報。
編號 1-7 "預防接種申請書"：適用於預防接種的申請。
編號 1-8 "更改申請書"：適用於報檢人申請更改、補充或重發證書以及撤銷報檢等情況。
編號 1-9 "出/入境集裝箱報檢單"：適用於出入境空集裝箱和裝載非法檢貨物的集裝箱檢驗檢疫的申報。對於裝載列入《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的警處警商品目錄》內貨物的集裝箱一般應與貨物一併申報，適用編號1-1 或編號1-2。

（二） 通關類： 4種
編號 2-1-1 "入境貨物通關單"：適用於在本地報關並實施檢驗檢疫的入境貨物的通關，包括調離海關監管區。此單僅供通關用。
編號 2-1-2 "入境貨物通關單"：適用於在本地報關，由異地檢驗檢疫的入境貨物的通關，包括調離海關監管區。此單僅供通關用。其第2.3.4聯名稱為《入境貨物調離通知單》，對動植物及其產品，可作為運遞證明。
編號 2-2 "出境貨物通關單"：適用於國家法律、行政法規規定必須經檢驗檢疫合格的出境貨物（包括廢舊物品、集裝箱、包裝鋪墊材料等）的通關。此單也是檢驗檢疫機構對出境貨物的放行單。
編號 2-3 "屍體/棺柩/骸骨/骨灰入/出境許可證"：屍體、棺柩、骸骨、骨灰經檢查符合衛生要求並准予出/入境的憑證。

（三） 結果單：5種
編號 3-1 "進口機動車輛隨車檢驗單"：適用於進口機動車輛的檢驗，每車一單。
編號 3-2 "出境貨物運輸包裝性能檢驗結果單"：適用於經檢驗合格的出境貨物包裝性能檢驗。
編號 3-3 "出境貨物包裝容器使用鑒定結果單"：適用于證明包裝容器適合裝載出境危險貨物。
編號 3-4 "集裝箱檢驗檢疫結果單"：適用於（1）裝運出口易腐爛變質食品、冷凍品集裝箱的適載檢驗以及裝載其他法檢貨物集裝箱的檢驗；（2）出入境集裝箱的衛生檢疫和動植物檢疫。
編號 3-5 "放射監測/車裏報告單"：適用於對放射性物質實施監測或處理。

（四） 通知類：4種
編號 4-1 "入境貨物檢驗檢疫情況通知單"：適用於（1）入境貨物分港卸貨或集中卸貨分撥數地的檢驗檢疫情況通知；（2）進境成套設備數量清點以後同意安裝調試。等。
編號 4-2 "檢驗檢疫]處理通知單"：適用於（1）對運輸工具（含飲用水、壓艙水、垃圾和污水等）、集裝箱、郵寄物、貨物的檢疫處理以及放射性監測；（2）對入境廢舊物品進行檢處理；（3）食品經檢驗檢疫不合格，須進行檢驗檢疫處理。
編號 4-3 "出境貨物不合格通知單"：適用於經檢驗檢疫不合格的出境貨物、包裝等。
編號 4-6 "提請提前出境書"：用於境外人員被發現有限制入境的疾病時簽發，以通知和協同有關部門責令其限期出境。

（五） 憑證類：8種
編號 5-1 "入境貨物檢驗檢疫證明"：適用於經濟檢驗檢疫後同意銷售、使用或安裝調試的法檢入境貨物（食品、食品添加劑等暫用格式9-2"衛生證書"），作為入境貨物檢驗檢疫合格准予銷售或使用的憑證。也是檢驗檢疫機構對入境貨物的放行單。
編號 5-2 "進口機動車輛檢驗證明"：適用於進口機動車輛換領行車牌證。
編號 5-3 "出境貨物換證憑單"：適用於（1）對未正式呈交的經預驗符合要求的貨物；（2）產地檢驗檢疫合格，口岸查驗換證（單）的出境貨物。此單僅用於檢驗檢疫系統內部的換證。
編號 5-4 "抽/採樣憑證"：檢驗檢疫機構抽取/採集樣品時向被抽/採樣單位出具的憑證。
編號 5-5 "出入境人員攜帶物留檢/處理憑證"：適用于對出入境旅客攜帶動植物及其產品的留驗處理。
編號 5-6 "國際旅行人員留驗/隔離證明"：適用於（1）對染疫人簽發隔離證書；（2）對染疫嫌疑人簽發留驗證書。
編號 5-7 "境外人員體格檢查記錄驗證證明"：適用于對外籍人士、港澳臺人員、華僑和非居住在中國境內的中國公民在境外經體格檢查後所出具的體格檢查記錄的驗證，合格者簽發此證。
編號5-8 "預防接種禁忌證明"：適用于出入境人員需實施預防接種而其本人又患有不適於預防接種之禁忌症者。
"附頁"：適用於多頁帶網底編號類憑證。

附：監管類證單14種
（一）動植物檢疫審批類：2種
"中華人民共和國進境動植物檢疫許可證申請表"：適用於以下所列三類貨物的許可證申請。（1）動物、動物產品及動物遺傳物質（精液、胚胎、種蛋、受精卵）；（2）水果、土壤、栽培介質、煙葉、穀物（小麥、玉米、大米、稻穀、大麥、黑麥、燕麥、高粱、麥芽、麵粉等）、豆類（大豆、綠豆、豌豆、赤豆、蠶豆、鷹嘴豆等）、薯類（馬鈴薯、木薯、甘薯粉等）及其飼料（麥麩、豆餅、豆粕等）；（3）因科學研究等特殊需要引進的植物微生物、昆蟲、蟎類、軟體動物及其他轉基因生物材料和國家禁止入境的職務繁殖材料。
"中華人民共和股進境動植物檢疫許可證"：適用於上述所列貨物的進境動植物檢疫審批。本許可證由直屬局初審，國家質檢總局簽發。
（二）口岸衛生監督類：8種
"中華人民共和國國境口岸儲存場地衛生許可證申請書"：適用於國境口岸儲存進出口貨物的場所（如保稅倉、集裝箱裝卸場地、冷庫等）領取衛生許可證的申請。
"中華人民共和國國境口岸儲存場地衛生許可證"：適用於國境口岸儲存進出口貨物的場地（如保稅倉、集裝箱裝卸場地、冷庫等）的衛生許可。
"中華人民共和國國境口岸服務行業衛生許可證申請書"：適用於國境口岸的賓館、餐廳、小賣部、公共場所等服務行業經營單位領取衛生許可證的申請。
"中華人民共和國國境口岸服務行業衛生許可證"：適用於國境口岸的賓館、餐廳、小賣部、公共場所等服務行業經營單位，作為准予營業的憑證。
"中華人民共和國國境口岸食品生產經營單位衛生許可證申請書"：適用於在國境口岸和交通工具從事食品生產經營的單位，領取衛生許可證的申請。
"中華人民共和國國境食品生產經營單位衛生許可證"：適用於在國境口岸和交通工具從事食品生產經營的單位，作為准予經營的憑證。
"健康證明書"：對在國境口岸和交通工具從事飲食、飲用水工作人員以及國儉口岸公共場所服務人員的簡況證明。
"國境口岸及入/出境交通工具、食品、飲用水從業人員體檢表"：適用於國境口岸公共場所和入出境交通工具食品飲用水從業人員實施體格檢查的結果記錄。

（三）其他類：4種
"入/出境特殊物品衛生檢疫審批單"：適用於特殊物品的攜帶人、托運人或代理人辦理出/入境手續的審批。特殊物品指微生物、人體組織、生物製品、血液及其製品等。
"愛滋病檢驗報告單"：適用於經采血樣進行愛滋病檢驗後簽發的報告單。
"國際旅行人員健康檢查記錄"：適用于出入境人員傳染病監測體檢的結果記錄
"進口食品、化妝品後續檢查記錄"：適用於進口食品、化妝品後需管理的檢驗檢查記錄。